Seit dem Sturz des somalischen Präsidenten Mohammed Siad Barre 1991 und dem Scheitern der UN-Missionen UNOSOM I und II gilt Somalia als Paradebeispiel eines „failed state“.
Der nun seit 16 Jahren herrschende Mangel an funktionierender Staatlichkeit im Großteil des Landes geht einher mit dem Aufkommen einer Vielzahl von rivalisierenden innerstaatlichen Akteuren entlang von Clanstrukturen, die sich zunächst in einem Krieg um die Kontrolle des Staates befanden. Relativ schnell bildeten sich jedoch lokal operierende Warlordstrukturen aus, welche sich auf die gewaltsame Kontrolle bestimmter Städte und einzelner Gebiete beschränkten. Gleichzeitig entstanden ebenfalls Sezessionsbestrebungen einzelner größerer autonomer Gruppierungen.

Nachdem größere bewaffnete Zusammenstöße zwischen den Clanmilizen sowie Gewalthandlungen gegenüber der Zivilbevölkerung ab 2000 abgenommen hatten, eskalierte der Konflikt im Mai 2006 mit einer militärischen Offensive der Union of Islamic Courts (UIC) und erweiterte den Konflikt um eine religiöse Dimension. Die mögliche Verbindung der UIC zu Al-Qaida veranlasste sowohl Nachbarstaaten als auch die USA aus Angst vor einer Ausweitung terroristischer Aktivitäten, religiös-gemäßigte Milizen zu unterstützen. Im Januar 2007 erfolgte durch Luftangriffe auf mutmaßliche Al-Qaida-Stellungen erstmals ein offenes militärisches Eingreifen der USA.

Die 2003 in Kenia gegründete international anerkannte Übergangsregierung (Transitional Federal Government – TFG) sah sich bis Dezember 2006 mangels Einfluss außer Stande, gegen das Vorrücken der UIC vorzugehen und wurden schließlich in Baidoa, dem provisorischen Regierungssitz des TFG, eingeschlossen. Erst durch eine Intervention Äthiopiens konnten die vermutlich durch Eritrea unterstützten UIC-Truppen, zurückgedrängt werden. Durch die ausländische Unterstützung (insbesondere von Äthiopien) und seine Gründung und Wahl in Kenia besitzt das TFG allerdings keine große Unterstützung seitens der somalischen Bevölkerung, wird aber von einer Vielzahl von Milizen unterstützt.
Die lang anhaltenden Konflikte haben zu einer desaströsen humanitären Lage im Land geführt. Laut UNHCR beträgt die Zahl der internen Flüchtlinge bereits 400.000.